農業上沸石可作為吸附土壤中鹽基離子和重金屬離子的良好載體，大小不同的孔隙使沸石具有很高的選擇性陽離子交換量，并含有Ca、Mg、Na、K、Fe、Cu、Cr等20余種植物生長所需的常量和微量元素，所以沸石也常常被用作土壤或無土栽培基質的添加劑，提供作物和花卉生長所需的養分。此外，天然沸石和改性沸石也被作為吸附劑和中和劑用于土壤治理和土壤改良，達到吸附重金屬、消除毒害的作用，應用前景廣泛。

沸石內部有較多孔隙，使得沸石比表面積變大，從而能吸附更多的水分子，增加土壤的保水性。同時，沸石能夠與土壤中其他的陽離子發生交換吸附。由于沸石顆粒密度小、孔隙度較大，將天然沸石摻入土壤，可以疏松土壤，增加土壤孔隙度和透氣性，改善土壤物理性狀。

將粒狀和粉狀的沸石分別混入本身透水性很大的砂質土壤中進行土壤改良試驗，結果表明，隨著沸石的混入，沙質土壤的透水性降低，而有效水含量增加；如果用有效水最大含量表示土壤的保水力，那么混入粒狀沸石和粉狀沸石（混合率2％）后土壤的保水力分別是對照區的2倍和2.5倍，說明添加沸石可有效增加土壤的保水能力。

沸石可以改善土壤結構，提高土壤滲透性，提高離子交換容量，吸收較多的植物營養元素，延長化肥的作用期限，具有保水、保氨和保鉀的作用，使土壤中的無效磷轉化為有效磷，防治土壤營養貧缺障礙，防治土壤酸化、干旱與沙化，提高土壤的pH值，提高土壤水分的滯留能力，具有“儲運”水分的良好功能。土壤中加入沸石后，在水量充沛的時候沸石可將水分固定在其孔隙結構中，干旱季節再將空隙中的水分釋放，從而增強了土壤的持水力，提高了不同土壤的耐旱能力，添加沸石增加的孔隙促進了氣體的擴散，能夠加快土壤的呼吸作用。土壤中施入沸石后，可使砂質土壤增加持水能力，而粘質土壤也可以增加通氣性，從而使土壤表現出良好的耕作性能。