沸石分子篩在使用過程中一定要注意做好防護，因為沸石極易吸濕。在儲存期間不應直接暴露在空氣中，應放在干燥的地方。長期儲存并具有吸濕性的沸石分子篩應在使用前再生。

沸石分子篩避免油和液態水。油可以阻塞沸石分子篩的孔隙。特別是，在再生過程中，可能使油碳化并導致孔堵塞。對于含油的油，應在沸石分子篩塔之前分離油和氣、油和水。由沸石于分子篩在吸附水分時釋放熱量，因此液態水直接接觸分子篩并釋放出大量的熱量。可能發生危險或沸石分子篩的性能可能被破壞。

當切換帶壓力操作的沸石分子篩柱時，應緩慢降低塔的內部壓力。例如減壓速度太快，這可能導致沸石顆粒破碎和粉化。再生溫度越高，再生越安全，但再生的能量消耗越大，沸石分子篩的壽命越長。因此，再生溫度優選在200至350℃之間。再生溫度一般不超過600℃，否則沸石分子篩可能失去活性。