沸石分子篩的使用領域很廣，原因是沸石分子篩可以過濾很細小的東西，但是沸石這種礦物卻極易吸濕的。所以在儲存期間不應直接暴露在空氣中，應放在干燥的地方。長期儲存并具有吸濕性的分子篩應在使用前再生。

沸石分子篩避免油和液態水。油可以阻塞分子篩的孔隙。特別是在再生過程中，可能使油碳化并導致孔堵塞。對于含油的油，應在沸石分子篩塔之前分離油和氣、油和水。由于天然沸石在吸附水分時釋放熱量，因此液態水直接接觸分子篩并釋放出大量的熱量。可能發生危險或沸石分子篩的性能可能被破壞。

當切換帶壓力操作的沸石分子篩柱時，應緩慢降低塔的內部壓力。例如減壓速度太快，這可能導致沸石分子篩顆粒破碎和粉化。再生溫度越高，再生越安全，但再生的能量消耗越大，沸石分子篩的壽命越長。因此再生溫度優選在200至350℃之間。再生溫度一般不超過600℃，否則沸石分子篩可能失去活性。